A Marinha é um Ramo das Forças Armadas, dotado de autonomia administrativa, que se integra na administração do Estado, através do Ministério da Defesa Nacional. A organização da Marinha rege-se pelos princípios da eficácia na perspetiva da missão, do conceito do duplo uso ao nível operacional, da otimização estrutural e do equilíbrio genético, em articulação, e em alguns casos complementaridade, com o Ministério da Defesa Nacional, o Estado-Maior-General das Forças Armadas (EMGFA) e com os outros ramos.